شماره کاتالوگ
LS-524.10
LS-524.25
LS-524.50
LS-524.100
حیطه کاربرد
محصول Trita® SMA Linkage Analysis Kit به منظور ردیابی آلل جهش یافته ژن SMN1 در یک خانواده مشکوک یا مبتلا به بیماری SMA و تشخیص پیش از تولد بیماری SMA به صورت غیر مستقیم طراحی و تولید شده است. اساس عملکرد این محصول، آنالیز پیوستگی 5 مارکر ژنی STR در بالادست و پایین دست ژن SMN1 به روش مولکولی Multiplex Fluorescent PCR با استفاده از DNA تخلیص شده از خون محیطی انسان بالغ یا نوزاد، مایع آمنیوتیک و پرزهای کوریونی جنینی (CVS) می باشد.
اساس عملکرد محصول
محصول Trita® SMA Linkage Analysis Kit به منظور ردیابی آلل جهش یافته ژن SMN1 در یک خانوادهی مشکوک یا مبتلا به بیماری SMA و تشخیص پیش از تولد بیماری SMA به صورت غیر مستقیم طراحی شده است. با استفاده از STRهای مرتبط با ژن SMN1 که عامل اصلی بیماری تحلیل عضلانی-نخاعی (SMA) میباشد، طراحی و تولید شده است. اساس عملکرد این محصول، روش مولکولی Multiplex fluorescent PCR با استفاده از پرایمرهای نشاندار شده با رنگهای فلورسنت F6-FAMTM و ®VIC میباشد که به بررسی همزمان ۵ مارکر ژنتیکی از نوع توالی های تکراری کوتاه (Short Tandem Repeats) یا STR در نزدیکی (بالادست و پایین دست) ژن SMN1 میپردازد. این ماکرها ۴ مارکر STR مورد بررسی در فاصلهای کمتر از 1CM با ژن SMN1 و یک مارکر در فاصله کمتر از 1.5 CM از ژن SMN1 قرار گرفته اند و با ژن SMN1، یک هاپلوتایپ را تشکیل میدهند. در جدول زیر، ویژگی های اختصاصی مارکرهای STR مورد استفاده در این کیت نشان داده شده است:
| Dye (Color) | Genetic Location
around SMN1 Gene |
Name | No |
| Blue | Downstream (3′ UTRs) | STR1 | 1 |
| Blue | Upstream (5′ UTRs) | STR2 | 2 |
| Blue | Downstream (3′ UTRs) | STR3 | 3 |
| Blue | Downstream (3′ UTRs) | STR4 | 4 |
| Green | Downstream (3′ UTRs) | STR5 | 5 |
در محصول Trita® SMA Linkage Analysis Kit، تعداد مارکرهای مورد استفاده به گونهای است که توارث آلل جهش یافته SMN1 در خانواده و تشخیص غیر مستقیم بیماری SMA را امکان پذیر میسازد و به همین دلیل، استفاده از این محصول از نظر زمان، کارایی و هزینه بسیار مناسب و مقرون به صرفه است. همچنین، در این کیت، انتخاب نوع مارکرهای STR و طراحی پرایمر به صورت کاملا اختصاصی و پس از بررسی دقیق مارکرها از نظر دارا بودن هتروزیگوسیتی بالا در جمعیت انسانی و عدم وجود پلیمورفیسم در ناحیه اتصال پرایمرها انجام گرفته است. همچنین، در مرحله الکتروفورز، این مارکرها به دلیل ماهیت ساختاری خود به صورت پیکهایی کاملاً تک قله با ارتفاع مطلوب (Sharp) و با حداقل پیکهای اضافی (Stutter peaks) در اطراف آنها در گراف نتایج قابل مشاهده هستند. بر این اساس، مناسب ترین مارکرها جهت طراحی این محصول انتخاب شدند و امکان تشخیص دقیق و قابل اطمینان پیوستگی ژنی SMN1 را در یک خانواده مشکوک یا مبتلا به SMA فراهم سازند.
این کیت برای نمونه‌‌های DNA تخلیص شده از خون محیطی افراد بالغ یا نوزاد، مایع آمنیوتیک و پرزهای کوریونی جفتی جنین (CVS) قابل استفاده میباشد. پس از انجام واکنش Multiplex Fluorescent PCR، محصولات PCR بدست آمده با استفاده از دستگاه Genetic Analyzer با تکنیک Capillary electrophoresis تفکیک شده و نتایج حاصل با نرمافزار ®GeneMarker بر اساس پنل کیت آنالیز و تفسیر میشوند. مراحل استفاده از محصول Trita® SMA Linkage Analysis Kit به شرح زیر صحه گذاری شده است که عبارتند از:
-
نمونه گیری و استخراج DNA
خون محیطی انسان بالغ یا نوزاد، مایع آمنیوتیک و پرزهای کوریونی جفتی جنین (CVS) نمونه های قابل استفاده در این کیت می باشند.
این محصول با کیت های استخراج DNA (با روش ستونی) زیر سازگار است:
کیت QIAamp® DNA Blood Mini Kit محصول شرکت Qiagen و RIBO-prep nucleic acid extraction kit محصول شرکت ®AmpliSens روسیه به ترتیب برای نمونه های خون محیطی و مابع آمنیوتیک بهینه سازی شده است. علاوه بر این، روشهای استخراج DNA رسوبی نیز کاربردی است.
-
واکنش مولکولی Multiplex Fluorescent PCR است که شامل مراحل زیر است:
- دناتوراسیون (Denaturation)
- هیبریداسیون پرایمرها (Primer Hybridization)
- تکثیر مارکرهای ژنی موردنظر به روش PCR (PCR Amplification)
این محصول با دستگاه ترموسایکلر Applied Biosystem (Veriti) و BioRad (T100) بهینه سازی شده است.
-
شناسایی قطعات تکثیر شده (Fragment Separation)
جداسازی قطعات تکثیر شده (Fragment Seperation) به روش Capillary Electrophoresis با دستگاه Genetic Analyzer مدلهای(xL) ABI 3130 و ABI 3500 (xL) صحه گذاری شده است که با کپیلاری در سایزهای 30، 50 یا 80 سانتی متر سازگار میباشد.
-
آنالیز قطعات تکثیر شده (Fragment Analysis)
آنالیز و تفسیر نتایج (Data Analysis) با استفاده از نرم افزار ®GeneMarker بر اساس پنل کیت امکان پذیر است.
محتویات کیت
محصول Trita® SMA Linkage Analysis Kit در سه مدل 25، 50 و 100 تستی قابل ارائه است. جدول زیر نشان دهندهی اجزای کیت و مقادیر هر یک از آنها در مدلهای مختلف این محصول میباشد.
| The composition of Trita® SMA Linkage Analysis Kit | ||||
| Tube/Cap Color | Vol. for 100 rxn (µl) | Vol. for 50 rxn (µl) | Vol. for 25 rxn (µl) | Kit Contents |
| Amber/Yellow | 4 × 125 | 2 × 125 | 125 | SL-1 |
| Clear/Red | 4 × 375 | 2 × 375 | 375 | SL-2 |
|
* The kit contains a Quick Manual inside the package. |
||||
ویژگی های فنی
در جدول زیر، مهم ترین ویژگی های فنی محصول Trita® SMA Linkage Analysis Kit به طور خلاصه ارائه شده است:
| Technical specification of Trita® SMA Linkage Analysis Kit | |
| Parameters | Kit Specifications and characteristics |
| Technique | Multiplex Fluorescent PCR |
| Detection Method | Capillary electrophoresis |
| Type of Analysis | Qualitative |
| Target Sequence | Short Tandem Repeats (STR)
Upstream & downstream of human SMN1 gene (with < 1-1.5 CM Distance) |
| Validated Specimen | DNA extracted from human peripheral blood, amniotic fluid & CVS |
| Storage |
-20 ± 5 °C |
| Dye |
6-FAMTM & VIC® |
| Validated
Extraction Methods |
RIBO-prep nucleic acid extraction kit (AmpliSens®, Russia)
QIAamp® DSP DNA Blood Mini Kit (Qiagen, Germany) |
| Validated thermocyclers | BioRad (T100), Applied Biosystem (Veriti)
(Ramping rates: heating 0.8 ˚C/s, cooling 1.6 ˚C/s) |
| Validated
Genetic Analyzers |
Applied Biosystems™ 3130/3130 xL Genetic Analyzer
Applied Biosystems™ 3500/3500 xL Genetic Analyzer |
| Size standard | 560 SIZER ORANGE (Devyser-Sweden)
GeneScan™ 500 LIZ® Size Standard (Life Technologies-USA) GeneScan™ 600 LIZ® Size Standard (Life Technologies-USA) |
| Validated Softwares | ®GeneMarker |
