Trita® Glioma Diagnostic Kit

حیطه کاربرد

محصول  Trita® Glioma Diagnostic Kitجهت شناسایی جهش ­های ژن IDH1 (p.R132H، p.R132C)، ژن IDH2 (p.R172K، p.R172M)، 1p/19q co-deletion، حذف هموزیگوت ژن­ های CDKN2A (اگزون ۱ و اگزون ۲) و CDKN2B (اگزون ۱ و اگزون ۲) به منظور تشخیص نوع گلیوما طراحی و تولید شده است. اساس عملکرد این محصول، روش مولکولی Multiplex Fluorescent ARMS PCR با استفاده از پرایمرهای نشان‎دار شده می‎باشد و با استفاده از DNA استخراج شده از بافت گلیومای تازه و یا فیکس شده در فرمالین (FFPE)، شناسایی جهش عامل بیماری و نوع بیماری گلیوما را مقدور می­ سازد. این محصول به عنوان یک محصول تشخیص آزمایشگاهی (IVD) در آزمایشگاه‎های تشخیص ژنتیک کاربرد دارد.

اساس عملکرد محصول

محصول  Trita® Glioma Diagnostic Kitبه منظور شناسایی و جهت شناسایی جهش­ های ژن IDH1 (p.R132H، p.R132C)، ژن IDH2 (p.R172K، p.R172M)، 1p/19q co-deletion، حذف هموزیگوت ژن های CDKN2A (اگزون ۱ و اگزون ۲) و CDKN2B (اگزون ۱ و اگزون ۲) به منظور تشخیص نوع گلیوما در افراد مبتلا به گلیوما طراحی و تولید شده است. نمونه بیولوژیک مورد نیاز جهت استفاده از این کیت، بافت گلیومای تازه و یا فیکس شده در فرمالین (FFPE) می‎باشد. اساس عملکرد این محصول، روش مولکولی Multiplex Fluorescent ARMS PCR با استفاده از پرایمرهای نشان‎دار شده می‎باشد. در این کیت، تعداد و نوع نواحی ژنی مورد بررسی به گونه‎ای انتخاب شده است که تشخیص دقیق نوع بیماری گلیوما (گلیوبلاستوما، آستروسیتوما و الیگودندروگلیوما) را امکان پذیر می‎سازد. همچنین، این روش از نظر زمان، کارایی و هزینه بسیار مناسب، سریع و مقرون به صرفه‎ است. همچنین، در این کیت، انتخاب نواحی ژنی و طراحی پرایمرها به صورت کاملا اختصاصی و با توجه به عدم وجود پلی‎مورفیسم در ناحیه اتصال پرایمرها روی ژنوم انجام گرفته است.

در محصول Trita® Glioma Diagnostic Kitمجموعاً ۱۰ ناحیه مورد بررسی قرار می‎گیرند و پرایمرهای این محصول با رنگ فلورسنت F6-FAM^TM نشان‎دار شده‎اند (جدول ۲). پرایمرها به طور اختصاصی جهش ­های p.R132H، p.R132C در ژن‏ IDH1، و جهش­های p.R172K و p.R172M در ژن IDH2، 1p/19q co-deletion و حذف هموزیگوت ژن­های CDKN2A و CDKN2B در بافت­ گلیوما را شناسایی می­کند. این محصول قادر به تمایز جهش ­های p.R132H و p.R132C در ژن IDH1 و همچنین جهش ­های p.R172K و p.R172M در ژن IDH2 از یکدیگر نمی ­باشد. این محصول تمامی این جهش ­ها را در یک واکنش PCR تکثیر نموده و سپس محصول در یک ران Capillary electrophoresis در دستگاه ژنتیک آنالایزر قابل خوانش و شناسایی می‎باشد. آنالیز و تفسیر نتایج نهایی با نرم افزار ®GeneMarker انجام می‎گیرد.

به طور کلی، اساس عملکرد این محصول در تشخیص نوع بیماری گلیوما شامل 3 مرحله اصلی زیر می‎باشد که هر مرحله به شرح زیر صحه گذاری شده است که عبارتند از:

1. استخراج DNA از نمونه بیولوژیک

این محصول با نمونه‎های گلیومای تازه و یا فیکس شده در فرمالین (FFPE) افراد مبتلا به گلیوما، صحه‎گذاری شده است. همچنین، این محصول با کیت‎ های استخراج DNA مانند کیت QIAamp DNA FFPE Tissue Kit محصول شرکت Qiagen آلمان و TritEx® FFPE Tissue RNA/DNA Extraction Kit محصول شرکت تریتاژن برای نمونه‎های بافت تازه و یا فیکس شده در فرمالین بهینه سازی شده است.

2. واکنش مولکولی Multiplex Fluorescent ARMS PCR بر اساس پرایمرهای نشان دار شده که شامل مراحل زیر است:

• دناتوراسیون (Denaturation)
• هیبریداسیون پرایمرها (Primer Hybridization)
• تکثیر مارکرهای ژنی موردنظر به روش PCR (PCR Amplification)

این محصول با دستگاه ترموسایکلر Applied Biosystem (Veriti) و BioRad (T 100) بهینه سازی شده است.

3. آنالیز قطعات تکثیر شده (Fragment Analysis) که شامل مراحل زیر است:

• جداسازی قطعات تکثیر شده (Fragment Seperation) به روش Capillary Electrophoresis
• آنالیز و تفسیر نتایج (Data Analysis) با استفاده از نرم افزار GeneMarker®

محصول PCR حاصل از این کیت با دستگاه Genetic AnaLyzer مدل‎های (xL) ABI 3130 و ABI 3500 (xL) با کپیلاری در سایزهای 30، 50 یا 80 سانتی‎متر سازگار می‎باشد.  همچنین، آنالیز و تفسیر نتایج کپیلاری الکتروفورز با استفاده از نرم افزار ®GeneMarker بر اساس پنل کیت (که توسط شرکت برای کاربران ارسال می‎شود) امکان پذیر است.

محتویات کیت

محصول  Trita® Glioma Diagnostic Kitدر سه مدل 25، 50 و 100 تستی قابل ارائه است. جدول زیر نشان دهنده‎ی اجزای کیت و مقادیر هر یک از آنها در مدل‎های مختلف این محصول می‎باشد.

ویژگی های فنی

در جدول زیر مهم ترین ویژگی های فنی محصول Trita® Glioma Diagnostic Kit به طور خلاصه ذکر شده است: