شماره کاتالوگ
LB-422.10
LB-422.25
LB-422.50
LB-422.100
حیطه کاربرد
محصول Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit جهت تشخیص پیش از تولد بیماری بتا-تالاسمی به صورت غیر مستقیم و ردیابی آلل جهشیافته ژن HBB در یک خانواده که مشکوک یا مبتلا به بتا تالاسمی هستند طراحی و تولید شده است. اساس عملکرد این محصول، آنالیز پیوستگی 4 مارکر ژنی STR در بالادست و پایین دست ژن HBB به روش مولکولی Multiplex Fluorescent PCR با استفاده از DNA تخلیص شده از خون محیطی انسان بالغ یا نوزاد، مایع آمنیوتیک و پرزهای کوریونی جنینی (CVS) می باشد.
اساس عملکرد محصول
کیت تشخیص مولکولی Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit جهت تشخیص پیش از تولد بیماری بتا-تالاسمی به صورت غیر مستقیم و ردیابی آلل جهشیافته ژن HBB در یک خانواده طراحی شده است. اساس عملکرد این کیت بر اساس تکنیک Multiplex Fluorescent PCR می‌باشد و با استفاده از پرایمرهای نشاندار شده با رنگهای فلورسنت NEDTM و ®PET به بررسی همزمان 4 ناحیه از ژنوم شامل توالی های تکراری کوتاه (Short Tandem Repeats) در نواحی بالادست و پایین دست ژن بتا-گلوبین (HBB) میپردازد. این 4 مارکر STR دارای هتروزیگوسیتی بالا در جمعیت انسانی هستند و در موقعیت کروموزومی 11p15.4 در اطراف ناحیه ژنی بتا گلوبین (HBB) قرار دارند. فاصله STRها تا ژن HBB در محدودهی Kb 40-600 است که کمتر از 1 سانتی مورگان (1 CM) می‌باشد و به صورت یک مجموعه هاپلوتایپ قابل توارث به نسل بعدی میباشند. در جدول زیر، ویژگیهای مارکرهای STR مورد استفاده در این کیت نشان داده شده است:
| No. | Markers | Genetic Location
around HBB Gene |
Dye (Color) |
| 1 | BETA-STR 1 | Upstream (5′ UTR) | Yellow |
| 2 | BETA-STR 2 | Downstream (3′ UTR) | Yellow |
| 3 | BETA-STR 3 | Downstream (3’ UTR) | Red |
|
4 |
BETA-STR 4 | Downstream (3′ UTR) | Red |
در محصول Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit، تعداد مارکرهای مورد استفاده به گونهای است که توارث آلل جهش یافته HBB در خانواده و تشخیص غیر مستقیم بتا-تالاسمی را امکان پذیر میسازد و به همین دلیل، استفاده از این محصول از نظر زمان، کارایی و هزینه بسیار مناسب و مقرون به صرفه است. همچنین، در این کیت، انتخاب نوع مارکرها و طراحی پرایمر به صورت کاملا اختصاصی و پس از بررسی دقیق مارکرها از نظر دارا بودن هتروزیگوسیتی بالا در جمعیت انسانی و عدم وجود پلیمورفیسم در ناحیه اتصال پرایمرها انجام گرفته است. همچنین، در مرحله الکتروفورز، این مارکرها به دلیل ماهیت ساختاری خود به صورت پیکهایی کاملاً تک قله با ارتفاع مطلوب (Sharp) و با حداقل پیکهای اضافی (Stutter peaks) در اطراف آنها در گراف نتایج قابل مشاهده هستند. بر این اساس، مناسب ترین مارکرها جهت طراحی این محصول انتخاب شدند و امکان تشخیص دقیق و قابل اطمینان پیوستگی ژنی HBB را در یک خانواده مشکوک یا مبتلا به بتا تالاسمی فراهم سازند.
این کیت برای نمونه‌‌های DNA تخلیص شده از خون محیطی افراد بالغ یا نوزاد، مایع آمنیوتیک و پرزهای کوریونی جفتی جنین (CVS) قابل استفاده می‌باشد. پس از انجام واکنش Multiplex Fluorescent PCR، محصولات PCR بدست آمده با استفاده از دستگاه Genetic Analyzer با تکنیک Capillary electrophoresis تفکیک شده و نتایج حاصل با نرمافزار GeneMarker® بر اساس پنل کیت آنالیز و تفسیر میشوند. مراحل استفاده از محصول Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit به شرح زیر صحه گذاری شده است که عبارتند از:
1: نمونه گیری و استخراج DNA
خون محیطی انسان بالغ یا نوزاد، مایع آمنیوتیک و پرزهای کوریونی جفتی جنین (CVS) نمونه های قابل استفاده در این کیت می باشند.
این محصول با کیت های استخراج DNA (با روش ستونی) زیر سازگار است:
کیت QIAamp® DNA Blood Mini Kit محصول شرکت Qiagen و RIBO-prep nucleic acid extraction kit محصول شرکت AmpliSens® روسیه به ترتیب برای نمونه های خون محیطی و مابع آمنیوتیک بهینه سازی شده است. علاوه بر این، روشهای استخراج DNA رسوبی نیز کاربردی است.
2: واکنش مولکولی Multiplex Fluorescent PCR است که شامل مراحل زیر است:
- دناتوراسیون (Denaturation)
- هیبریداسیون پرایمرها (Primer Hybridization)
- تکثیر مارکرهای ژنی موردنظر به روش PCR (PCR Amplification)
این محصول با دستگاه ترموسایکلر Applied Biosystem (Veriti) و BioRad (T100) بهینه سازی شده است.
3: شناسایی قطعات تکثیر شده (Fragment Separation)
جداسازی قطعات تکثیر شده (Fragment Seperation) به روش Capillary Electrophoresis با دستگاه Genetic Analyzer مدلهای(xL) ABI 3130 و ABI 3500 (xL) صحه گذاری شده است که با کپیلاری در سایزهای 30، 50 یا 80 سانتی متر سازگار می‌باشد.
4: آنالیز قطعات تکثیر شده (Fragment Analysis)
آنالیز و تفسیر نتایج (Data Analysis) با استفاده از نرم افزار GeneMarker® بر اساس پنل کیت امکان پذیر است.
محتویات کیت
محصول Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit در 3 سایز 25، 50 و 100 تستی قابل ارائه است. جدول زیر نشان دهندهی اجزای کیت و مقادیر هر یک از آنها در سایزهای مختلف این محصول می‌باشد:
| The Composition of Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit | ||||
| Tube/Cap Color | Vol. for 100 rxn (µl) | Vol. for 50 rxn (µl) | Vol. for 25 rxn (µl) | Kit Contents |
| Amber/Yellow | 4 × 375 | 2 × 125 | 125 | BL-1 |
| Clear/Red | 4 × 375 | 2 × 375 | 375 | BL-2 |
|
* The kit contains a Quick Manual inside the package. |
||||
ویژگی های فنی
در جدول زیر، مهم ترین ویژگی های فنی محصول Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit به طور خلاصه ارائه شده است:
| Technical specification of Trita® β-thalassemia Linkage Analysis Kit | |
| Parameters | Kit Specifications and characteristics |
| Methodology | Genetic Linkage Analysis |
| Technique | Multiplex Fluorescent PCR |
| Type of Analysis | Qualitative |
| Target Sequence | Short Tandom Repeats (STR)
Upstream & downstream of human HBB gene (with < 1 CM Distance) |
| Validated Specimen | DNA extracted from human peripheral blood, amniotic fluid & CVS |
| Storage |
-20 ± 5 °C |
| Dye |
NEDTM & PET® |
| Validated Extraction Methods | RIBO-prep nucleic acid extraction kit (AmpliSens®, Russia)
QIAamp® DSP DNA Blood Mini Kit (Qiagen, Germany) |
| Validated thermocyclers | BioRad (T 100), Applied Biosystem (Veriti)
(Ramping rates: heating 0.8 ˚C/s, cooling 1.6 ˚C/s) |
| Detection Method | Capillary electrophoresis |
| Validated
Genetic analyzers |
Applied Biosystems™ 3130/3130 xL Genetic Analyzer
Applied Biosystems™ 3500/3500 xL Genetic Analyzer |
| Size standard | 560 SIZER ORANGE (Devyser-Sweden)
GeneScan™ 500 LIZ® Size Standard (Life Technologies-USA) GeneScan™ 600 LIZ® Size Standard (Life Technologies-USA) |
